（1） 环境和生态毒理针对本地区水体富营养化状况、结合采矿废弃物释放的重金属导致的潜在环境危害和健康危害，利用模式生物（秀丽隐杆线虫和拟南芥）进行环境评价、污染标志物筛选和损伤信号传导途径等。今后将在采煤废弃物重金属解析、塌陷区生态环境修复、淮河水体富营养化、饮用水安全评价等方向加强研究。
（2） 植物逆境胁迫生理依据本地区农业发展特点，并结合淮南地区采煤塌陷区生态修复任务迫切、环境因子对植物生长影响和塌陷区生态修复等多个方向进行研究。
（3）生态保护与生态修复根据皖北地区的生态特点和淮南地区湖泊水系众多，湿地生态保护和生态修复发展的迫切需要，从水生动植物区系、湿地生态发展特点等方向进行研究。
（4）可再生生物能源开发利用淮南是我国著名的能源城市，煤炭、电力和化工是本地区的支柱产业。落实科学发展观，实现社会经济的可持续发展成为能源城市发展面临的普遍问题。根据这一现状，拟在未来的几年内，追踪生物质能的发展趋势，注重引进相应的人才，开展生物质材料的转化、生物质资源生物筛选研究。